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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1994年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 日本ハム | 金村 | 厚沢 |
| 横浜 | 紀田 | 米 |
| ロッテ | 大村 | 黒木 |
| 阪神 | 山村 | 北川 |
| ダイエー | 城島 | 斉藤 |
| ヤクルト | 北川 | 宮本 |
| 近鉄 | 嘉勢 | 中川 |
| 広島 | 山内 | 嶋 |
| オリックス | 嘉勢 | 丸尾 |
| 中日 | 紀田 | 山田 |
| 西武 | 富岡 | 小関 |
| 巨人 | 河原 | 織田 |
| 指定枠で重複したら… 次の優先順位に従い、球団との選択を決定する。 （1）希望調査への回答において、当該球団との交渉を希望していることが最優先。 （2）1位指名が2位指名に優先。 （3）ともに当該球団との交渉を希望し、かつ同順位のときは抽選。 （4）ともに当該球団との交渉を希望していない場合も、同順位のときは抽選。 ただし、高校生には希望調査を行わないため、（2）の上位優先のみを適用、同順位で重複したときは抽選。 ★優先順位または抽選により選択できなかった球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。この方式により、全球団の1・2位指名が決定するまで繰り返す。 （ベースボールマガジン社発行・プロ野球ドラフト全史より引用） |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 紀田＝横浜、中日 嘉勢＝近鉄、オリックス |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。重複した場合は再び抽選。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 日本ハム | ||
| 横浜 | ||
| ロッテ | ||
| 阪神 | ||
| ダイエー | ||
| ヤクルト | ||
| 近鉄 | 田中 | |
| 広島 | ||
| オリックス | ||
| 中日 | 金森 | |
| 西武 | ||
| 巨人 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回は日本ハムがトップ。偶数回は巨人がトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| 日本ハム | ↓桜井 | ↑島田 | ↓城石 | 選択終了 | |
| 横浜 | ↓福盛 | ↑多村 | ↓相川 | ↑加藤 | 選択終了 |
| ロッテ | ↓橋本 | ↑信原 | ↓後藤 | ↑岸川 | ↓池野 |
| 阪神 | ↓田中 | ↑川尻 | ↓矢野 | 選択終了 | |
| ダイエー | ↓本間 | ↑藤井 | 選択終了 | ||
| ヤクルト | ↓稲葉 | ↑吉元 | 選択終了 | ||
| 近鉄 | ↓南 | ↑川口 | 選択終了 | ||
| 広島 | ↓朝山 | ↑高橋 | ↓横山 | ↑田村 | ↓井上 |
| オリックス | ↓五島 | ↑豊田 | 選択終了 | ||
| 中日 | ↓山田広 | ↑原田 | ↓三輪 | ↑大西 | 選択終了 |
| 西武 | ↓西口 | ↑高木 | ↓寺本 | ↑山田 | 選択終了 |
| 巨人 | ↓福井 | ↑斉藤 | ↓高村 | 選択終了 |
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