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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1998年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| ロッテ | 小林 | 智崎 |
| 阪神 | 藤川 | 金沢 |
| 近鉄 | 宇高 | 藤井 |
| 広島 | 東出 | 井生 |
| ダイエー | 新垣 | 松 |
| ヤクルト | 石堂 | 牧谷 |
| オリックス | 新垣 | 川越 |
| 巨人 | 上原 | 二岡 |
| 日本ハム | 松坂 | 建山 |
| 中日 | 福留 | 岩瀬 |
| 西武 | 松坂 | 赤田 |
| 横浜 | 松坂 | 矢野 |
| 指定枠で重複したら… 次の優先順位に従い、球団との選択を決定する。 （1）希望調査への回答において、当該球団との交渉を希望していることが最優先。 （2）1位指名が2位指名に優先。 （3）ともに当該球団との交渉を希望し、かつ同順位のときは抽選。 （4）ともに当該球団との交渉を希望していない場合も、同順位のときは抽選。 ただし、高校生には希望調査を行わないため、（2）の上位優先のみを適用、同順位で重複したときは抽選。 ★優先順位または抽選により選択できなかった球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。この方式により、全球団の1・2位指名が決定するまで繰り返す。 （ベースボールマガジン社発行・プロ野球ドラフト全史より引用） |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 松坂＝横浜、日本ハム、西武 新垣＝オリックス、ダイエー |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。重複した場合は再び抽選。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| ロッテ | ||
| 阪神 | ||
| 近鉄 | ||
| 広島 | ||
| ダイエー | 吉本 | |
| ヤクルト | ||
| オリックス | ||
| 巨人 | ||
| 日本ハム | 実松 | |
| 中日 | ||
| 西武 | ||
| 横浜 | 古木 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回はロッテがトップ。偶数回は横浜がトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| ロッテ | ↓川井 | ↑寺本 | ↓小島 | 選択終了 | |
| 阪神 | ↓福原 | ↑部坂 | ↓寺田 | 選択終了 | |
| 近鉄 | ↓山崎 | ↑面出 | ↓藤崎 | ↑松本 | ↓松比良 |
| 広島 | ↓矢野 | ↑森笠 | ↓小山田 | ↑新井 | ↓酒井 |
| ダイエー | ↓小椋 | ↑福山 | ↓水田 | 選択終了 | |
| ヤクルト | ↓橿渕 | ↑本郷 | ↓河端 | ↑高橋 | ↓丹野 |
| オリックス | ↓相川 | ↑木村 | ↓徳元 | 選択終了 | |
| 巨人 | ↓加藤 | ↑安原 | ↓酒井 | ↑玉峰 | ↓進藤 |
| 日本ハム | ↓立石 | ↑森本 | ↓阿久根 | ↑伊藤 | 選択終了 |
| 中日 | ↓小笠原 | ↑蔵本 | ↓川添 | ↑矢口 | ↓新井 |
| 西武 | ↓星野 | ↑柴田 | 選択終了 | ||
| 横浜 | ↓金川 | ↑福本 | ↓金城 | ↑小池 | 選択終了 |
| 球団名 | ドラフト8位 | ||||
| ロッテ | |||||
| 阪神 | |||||
| 近鉄 | ↑吉田 | 選択終了 | |||
| 広島 | ↑広池 | 選択終了 | |||
| ダイエー | |||||
| ヤクルト | ↑丹波 | 選択終了 | |||
| オリックス | |||||
| 巨人 | ↑高野 | 選択終了 | |||
| 日本ハム | 選択終了 | ||||
| 中日 | 選択終了 | ||||
| 西武 | |||||
| 横浜 |
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